《琉璃之岛》以日本冲绳县鸠海岛为舞台，讲述了一个关于故土存亡的动人故事。这座小岛仅剩49名居民，唯一的公共设施是一所小学。由于没有生源，鸠海小学即将废止，而岛上居民平均年龄高达63.5岁，整座岛屿正面临沦为无人岛的命运。

为了不让家乡消失，岛民们迫切希望有孩子能来岛上上学。岛民仲间勇造（绪形拳饰）为此专程前往东京，打算将七岁的外孙带回鸠海就读。然而，他的女儿坚决反对这一决定，让勇造的计划被迫搁置。

影片通过岛民与亲人之间的情感拉扯，展现了离岛生存的现实困境与人们对故土的深沉眷恋。在老龄化与人口流失的双重压力下，鸠海岛的命运牵动着每一位居民的心，也折射出日本众多离岛面临的共同难题。