《江南平寇记》以明朝嘉靖年间为背景，彼时嘉靖皇帝痴迷求仙炼丹，不理朝政，奸臣严嵩趁机独揽大权，勾结党羽祸乱朝纲。京城内朋党林立，人人自危，而东南沿海的倭患更是猖獗一时。

虽有戚继光、俞大猷等名将奋力抗敌，平息了大规模倭患，但溃败的倭寇并未就此消亡。他们趁朝政不举、天下大乱之际，勾结地方恶霸与汉奸，潜入江南腹地，烧杀抢掠，无恶不作。

影片围绕这场江南平寇的生死较量展开，展现了乱世之中忠义之士挺身而出、荡寇安民的壮烈故事，既有朝堂权谋的暗流涌动，也有民间抗倭的热血豪情。