《魔龙战记》以卑弥呼女王时代为背景，讲述一群被称为“鬼道”的秘密巫师曾暗中统治日本。他们因民众恐惧而被消灭，但部分幸存者历经数个世纪，企图通过召唤四大圣兽附身人体来恢复力量。

1971年，高野山密宗修行者进行最后一次召唤尝试，却被他们亲手创造的僧侣玄武所阻止。玄武的背叛让鬼道计划再度落空，但圣兽之力并未彻底消失。

现代少年偶然卷入这场跨越时空的纷争，成为圣兽附身的新容器。他必须在鬼道余党的追杀与玄武的指引之间找到平衡，同时面对魔龙觉醒带来的宿命挑战。一场关乎日本隐秘统治权的战斗，就此拉开序幕。