《潜艇总动员》讲述了一段充满欢笑与成长的海底冒险故事。这天，道歌教练给两只受训潜水艇——贝贝和阿力，以及水下摩托艇石头安排了一项特别任务：先将海参们安全放回珊瑚堆，然后找到一个合适的箱子，去把飞机苏茜运来的鳗鱼送回培训基地。

三个小伙伴一接到任务，就为了谁当负责人争得不可开交。贝贝觉得自己技术好，阿力认为自己力气大，石头也不甘示弱。争执中，他们闹出了不少笑话，任务进度也一度停滞。然而，当困难真正来临时，他们逐渐意识到：只有团结协作，才能克服海底的重重挑战。

最终，三个小伙伴放下争执，发挥各自所长，齐心协力完成了任务。影片以轻松幽默的方式，向小观众传递了团队合作与友谊的珍贵价值。