《功夫熊猫第三季》延续阿宝成为神龙大侠后的成长故事。阿宝一边为肩负神龙大侠的使命做准备，一边迎来生父熊猫李山突然到访，父子重逢让他的身世与归属再次成为焦点。

与此同时，拥有神秘力量的反派天煞强势登场，他妄图击败所有武林高手，统治整个武林。面对前所未有的危机，阿宝得知与世隔绝的熊猫村隐藏着对抗天煞的力量。

为了拯救苍生，阿宝与父亲李山踏上前往熊猫村的旅程。在那里，他不仅遇见更多同类，也逐渐理解亲情、责任与真正英雄的含义，并最终集结力量迎战天煞。